成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

故事发生在日本的江户时代，一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎（石田彰配音）的面前，他手握妖刀“红樱”，要求试刀，这个夜晚之后，桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白（高松信司配音）找到万事屋的神乐（钉宫理惠配音）和新八（坂口大助配音），委托他们寻找主人的下落。同时，银时（杉田智和）也受到委托，寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上，由于远离警察的管辖范围，飞艇里的恶势力一手遮天。在那里，银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助（子安武人配音），高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子，一边是暴虐嗜血的妖刀红樱，身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗？此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》，其中，在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。

故事始于山王联合会。以总长眼镜蛇为首，大和、阿檀、阿铁等个性十足的成员集结于山王联合会，几人的脑海中只有一个念头，就是守护这个街区。而在他们几个守护街区和平、努力避免不必要的冲突之人面前，出现了一名男子。而事态则因这名男子发生了巨大的变化，SWORD的平衡将被打破…

故事发生在20世纪80年代，中学生三桥贵志（贺来贤人 饰）和伊藤真司（伊藤健太郎 饰）转学来到新的学校，为了看起来凶恶一点，他们不约而同改换了不良少年的打扮。刚刚入学，两人意外打倒十人，一战成名。此后...

出身音乐世家的千秋真一（玉木宏饰）从小受古典乐熏陶，年少在欧洲各国游历时，认识了名指挥家维耶拉，他发誓长大要做大师的学生。可一次飞机失事给千秋留下后遗症，他始终无法克服心理障碍搭乘飞机，只得留在本国的...

宁静祥和的空座镇迎来金黄色的秋天，黑崎一护（森田成一 配音）和朽木露琪亚（折笠富美子 配音）刚刚处理完虚作乱的事件，镇车站旁便出现成群的欠魂。它们四处游走，任何驱逐方法都失去效力。正当他们一筹莫展之时，持有斩魂刀“弥勒丸”的死神少女茜雫突然出现，并成功驱散欠魂。露琪亚对一连串的事件颇感不安，于是回到尸魂界调查。从护廷十三队的口中，一护得知现世和尸魂界中间的断界出现新的空间，并且不断膨胀，导致现世与尸魂界相通。这一切并非自然形成，似乎有人正暗中操纵着一切，而茜雫正是这起事件的关键……本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第一部剧场版。

在未来世纪（Future Century，F.C.）由于地球严重被污染，人类移往宇宙殖民星，建立了新中国、新日本、新美国等殖民星国。各国在地球虽然还存有领土，但已受到严重的忽视。为了避免战争，各国决定以一场高达擂台赛(Gundam Fight，高达武斗)来决定各殖民星国对地球的统治权。比赛每四年一度，以地球为擂台，每个国家（殖民星）派出一位代表参赛，一对一以高达对战，直至只有一名胜利者。胜利者所属国家可擭得各殖民星国及地球管理权四年，直至另一个国家在下一次高达对决获胜。而活在地球上的居民，便要忍受在各国代表在对战时所造成的破坏。故事发生在未来世纪六十年开始，当时正开始第十三届高达擂台赛。故事的主角，来自新日本的code error!，为了追寻盗去以DG细胞三大理论，自我增殖、自我再生、自我进化设计出来的code error!(Devil Gundam)的兄长，决定参加这一次的高达对决，故事就此展开。

故事发生在明星学园的十年黑组之中，那是一个由十二名顶尖暗杀者所组成的神秘班级，这一次，致使她们齐聚一堂的，是一位名叫一之濑晴（金元寿子 配音）的平凡女生，她是这十二个冷酷杀手共同的目标。尽管身为众矢之的，但晴依旧信心满满，她的理想只有一个，那就是活到毕业的那一天。东兔角（诹访彩花 配音）是十二名杀手之一，也是资历最老的前辈之一，然而，冷若冰霜的她却被晴的乐观和开朗渐渐吸引，杀心转变成为了爱心，最终，东兔角反而成为了晴的保护着。面对这曾经是同伴的另外十一人，东兔角能否保护晴免遭杀身之祸呢？又是谁要如此大动干戈夺取晴的性命呢？

柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕，绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼，毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀，携小兰、园子参加开幕典礼。美绪介绍下，他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦（森谷帝二的弟子，第一弹《引爆摩天楼》中，森谷曾向新一挑战）、天才程序员原。期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害，目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系，不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片，两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织，并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因，却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉（灰原）。开幕酒会上，美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀，死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图，她的身下也有一个小酒杯，不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接，A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻，柯南注意到正有一支枪瞄准园子，心中给出了所有疑问的答案，但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。

大神一郎远赴法国担任巴黎华击团的队长之后，帝都花组迎来了新团员——前星组队长拉奇特(ラチェット·アルタイル）。拉奇特的个人主义作风与花组重视合作的做法形成强烈对比，双方摩擦不断。剧情的主线在于军方试图以新研发的无人驾驶蒸汽机取代花组，令花组陷入了解散危机。

自9·11以来，人类社会在堕落和灭亡的道路上高歌猛进。2013年，莫斯科、伦敦、上海、东京等国际大都会接连发生等级超越9·11的恐怖袭击事件，世界局势危在旦夕。圣火在东京一隅的少年岛村乔（宫野真守 饰），其真实身份是编号为009的人造人，他诞生的初衷便是保护世界和平。如今消除了往昔记忆的他再也无法独善其身，经过一系列的波折，终于和当年的伙伴们001伊凡·维斯基（玉川砂记子 配音）、002杰特·林格（小野大辅 配音）、003法兰索娃·阿尔达努（斋藤千和 配音）、004艾柏特·海因利希（大川透 配音）、005索罗门·索尼亚（丹泽晃之 配音）、006张张胡（增冈太郎 配音）、007葛雷特·布林顿（吉野裕行 配音）会面。拥有超人一般能力的他们，面临前所未有的挑战……本片根据漫画家石之森章太郎的原作改编。

本剧讲述了在私立绘都学园，聚集了“零干劲、零才能、零将来性”的学生们的3年0班，迎来了新的班主任，他是姿容端正，却有些怪怪的老师·加贺美零。学校的常识早已不再适用，资产和行动力都“离谱”的他，真实身份是继承了代表日本的财阀集团的CEO，是令人意想不到的“亿万富翁”。虽然时代在变，但青春期孩子们的问题根本没有改变。打破常识的新英雄加贺美直面了各种各样的问题，在此与学生们一起成长。